本館典藏各縣市政府檔案來源有二，一為本館自1955年起，陸續主動並有系統的採集各公私機關擬毀檔案中，具文獻參考價值者典藏數量，目前數量持續增加中。二為2012年10月，國史館移轉其管轄檔案，包括臺北市、高雄市、臺北縣、桃園縣、新竹縣、苗栗縣、臺中縣（市）、南投縣、彰化縣、雲林縣、嘉義縣、臺南縣（市）、高雄縣、宜蘭縣、花蓮縣、臺東縣及澎湖縣政府等檔案送本館典藏。 本館典藏各縣市政府之檔案眾多，計21縣市，計11萬4千餘卷，內容涵蓋範圍甚廣，以臺北市政府為例，包括總類、交通運輸、水利、地政、工程、都市計畫、產業發展、主計及財政等，皆為記載地方經驗之官方文書，可提供區域建設、經濟、社會、產業等各層面的珍貴史料及鄉土教材的編纂。
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